Estructura Organizativa del IIDH
Asamblea General
La máxima autoridad del IIDH es la Asamblea General, integrada por treinta y siete expertos y expertas de reconocida trayectoria en el campo de los derechos humanos de todo el hemisferio americano. Forman parte de la Asamblea del IIDH, la Corte Interamericana y la Comisión Interamericana de Derechos Humanos.
Junta Directiva
La Junta Directiva está formada por diez personas, todas miembros de la Asamblea General. Se encarga de dar seguimiento a las resoluciones emitidas por esta Asamblea y supervisa y evalúa la ejecución de los programas y actividades del Instituto.
Dirección Ejecutiva

José Thompson J.
Director Ejecutivo |
La Dirección Ejecutiva tiene a su cargo la ejecución de los programas, proyectos y actividades, con el concurso de todo el personal académico y técnico-administrativo.
El Director Ejecutivo es electo por la Asamblea General y es responsable por la ejecución de la política institucional, así como por el cumplimiento de la misión estatutaria del IIDH.
El Director Ejecutivo es José Thompson J., de nacionalidad costarricense.